Viện gồm 18 phòng và trung tâm với gần 250 cán bộ công nhân viên, trong đó có 9 tiến sĩ chuyên ngành, 45 thạc sĩ, 129 người có trình độ đại học. Cán bộ KHKT của Viện có trình độ chuyên môn cao, kinh nghiệm tốt, có kỹ năng và trình độ công nghệ thông tin đáp ứng được yêu cầu và nhiệm vụ trong cơ chế thị trường.
Các phòng thí nghiệm của Viện Năng lượng gồm có:
– Phòng thí nghiệm mô hình thủy lực: Thực hiện các nhiệm vụ nghiên cứu thí nghiệm thuỷ lực phục vụ cho việc kiểm chứng thiết kế và xây dựng các công trình thuỷ điện lớn; Nghiên cứu thí nghiệm phục vụ cho công tác quản lý, vận hành các công trình thuỷ điện hiện hữu.
– Phòng nghiên cứu sét
– Phòng thí nghiệm trọng điểm điện cao áp: Hiện tại, Phòng thí nghiệm điện cao áp với các trang thiết bị hiện đại đang được xây dựng và dự kiến đưa vào sử dụng năm 2010.
– Phòng thí nghiệm NLTT: bao gồm các bãi thử nghiệm năng lượng gió và mặt trời, cơ sở thí nghiệm khí sinh học, cơ sở thí nghiệm năng lượng nông thôn và chất đốt.
– Cơ sở thí nghiệm trung tâm Điện Nguyên tử, Nhiệt điện và Môi trường