Căn cứ Quyết định số 4026/QĐ-BCT ngày 29 tháng 7 năm 2010 của Bộ Công Thương về ban hành Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Viện Năng lượng. Cơ cấu tổ chức bộ máy của Viện Năng lượng như sau:
MÔ HÌNH CƠ CẤU TỔ CHỨC BỘ MÁY CỦA VIỆN NĂNG LƯỢNG